선택과목은 1과목이다. 19과목 중 하나를 고른다.
선택과목 간의 난이도 및 점수 편차로 인한 문제 탓에 예전부터 선택과목 제도의 개선에 대한 요구가 끊임없이 있어 왔다. 그래서 2018년 제55회 변리사 시험 부터는 선택과목은 50점을 기준으로 Pass/Fail 여부만 따지고 필수 3과목만으로 점수를 메기는 것으로 변경되었다. 따라서 상대적으로 점수가 잘나오는 선택과목으로(공학과목 한정)당락이 결정되던 것[21]과는 달리 3법과목으로만 당락이 결정되게 되어 판도가 크게 달라졌다.
2018년 제55회 제2차 시험 이후 선택과목의 선택 경향이 기존과 적지 않게 달라지고 있으며, 특히 디자인보호법 선택이 눈에 띄게 증가했다. 50점만 넘으면 되는 선택과목에서 더이상 공학과목의 고득점이 무의미해져 메리트가 급감했기 때문으로 보인다. 2021년 이후로는 디자인보호법 뿐만 아니라 저작권법 선택까지 크게 증가했으며 2022년에는 공학과목 선택자 수를 모두 합쳐도 디자인보호법 선택자 수보다 적을 정도가 되었고 저작권법은 선택인원 2위까지 올라섰다. 2024년 이후로는 법과목을 선택하는 경우가 대부분을 차지하게 되었다. 2024년 기준 법과목의 선택비율이 78.8%에 달한다.
그리고 어떤 선택과목을 치렀느냐는 향후 변리사로서의 진로에 영향을 미치지 않는다. 선택과목 자체가 대부분 2학년 전공기초과목 정도이므로 그 과목을 선택했다고 해서 해당 전공분야에 전문성이 있다고 보기는 어렵기 때문. 따라서 합격하기 쉬운 과목을 선택하면 된다. 현재는 공학과목 대신 법과목(디자인보호법, 저작권법)을 선택하는 경우가 대부분이다.
많이 선택되는 과목은 2024년 제61회 변리사 시험의 경우 다음과 같다.
당락을 가르는 선택과목의 지위는 2017년 제54회 변리사시험을 마지막으로 박탈되었으나, 2018년 제55회 변리사시험 이후로도 혹여 특정 선택과목이 50점조차 넘기 힘들정도로 극악의 난이도로 출제되는 경우도 있는 등[22] 선택과목간 형평성 문제는 완전히 해결되지는 않았다. 그러나 2017년도 이전보다는 훨씬 공평해 졌다고 보는 것이 중론이다.